בתהליך העבודה של משרפת הפסולת הרפואית ייתכנו תקלות מסוימות, ונוכל לטפל בהן בזמן לפני שנוכל להבטיח את השימוש הבא. יהיו הבדלים מסוימים באופן הטיפול בתקלות שונות, במיוחד לציוד של היום, שיש לו יותר פונקציות, ולכן צריך להיות זהירים מאוד בתהליך הטיפול בתקלות.
הכשל של משרפה רפואית מתחלק בעיקר לשני היבטים, האחד הוא כשל בתהליך, והשני הוא כשל בציוד. מבחינת כשלים תהליכיים, לרבות אי גילוי להבות, במקרה זה, זה עלול להתרחש בדרך כלל בשלב של שריפות קטנות, וישנן סיבות רבות לאי גילוי להבות, שיכולות להיות דליפות בצנרת הגז הנוזלי.
אם הציוד יתקלקל, אז יהיו היבטים רבים מעורבים, ביניהם כשל בלחץ ההפרש, כשל במאוורר וכשל בתוכנית, ולכל תקלה תהיה דרך אחרת להתמודד איתה. להבין נכון את הגורמים לכשלים, ולהיות מסוגלים למצוא צוות מקצועי שיטפל בהם, כך שלא רק שיהיו תוצאות טיפול טובות, אלא גם יוכלו לפתור בעיות אלו במהירות.
כאשר המשרפה הרפואית נכשלת, עלינו להבין נכון את סיבת התקלה ונוכל לחפש שיטות טיפול מתאימות, כך שתהיה לנו יותר הגנה לכל השימוש. כאשר יש תקלה בציוד, נוכל לשים לב ברצינות לגורמים לתקלות הספציפיות הללו, ואז העיבוד הבא יהיה קל יותר, אם לא נוכל להשלים את העיבוד, עלינו למצוא כוח אדם מקצועי.